عاش مسيحيو السودان خلال حكم الرئيس المخلوع عمر البشير، شتى أنواع التهميش والتضييق، حيث اتسمت مرحلة الرئيس المخلوع بتراجع الحق في ممارسة الشعائر الدينة، وإحاطة دور العبادة بحراسة “بوليسية” على حد وصف أحد المسيحيين السودانيين.
كما لم يكن سهلا الحصول على ترخيص لبناء كنيسة مسيحية أو حتى معبد يهودي، ويقول القس يوسف زمغيلة الذي اتخذ قطعة أرض صغيرة لبناء بيت صغير حوله إلى كنيس، إن كنيسته تعرضت للتدمير لأنه لم يكن يملك الأوراق اللازمة.